Boyabat İmam Hatip Lisesi, ilk olarak 10.10.1968 tarihinde, hükümet binası ile Özel İdare binası arasında yer alan eski bir binada geçici olarak açılmıştır. Daha sonra Boyabat Mevlâna Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi (Kız Meslek Lisesi) önünde yer alan bir binada(Şimdiki İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü Binası) 2 yıl eğitim ve öğretime devam etmiştir. 1970 yılında, İmam Hatip Lisesi Yaptırma ve Öğrencilerini Koruma Derneği tarafından yaptırılan şimdiki binamızda eğitime başlanmıştır.

Okulumuzun ilk müdürü, rahmetli Hakkı Maviş'tir. 

Binamızın mülkiyeti Boyabat İmam Hatip Lisesi Yaptırma ve Öğrencilerini Koruma Derneği mülkiyetindeyken, 1982 yılında Millî Eğitim Bakanlığına (hazineye) hibe olarak devredilmiştir. 

2017-2018 Eğitim ve öğretim yılından itibaren okulumuz bünyesinde ortaokul kademesi de açılmış olup, eğitim öğretim faaliyetleri iki kademede devam etmektedir.